Risalah ini secara dramatis dibuka dengan kelahiran mendadak Hayy di sebuah pulau kosong, diikuti dengan suat legenda mengenai dibuangnya dia ke tampat terpencil itu oleh saudara perempuan seorang raja, dengan maksud agar perkawinannya dengan Yaqzan tetap dirahasiakan. Tanpa campur tangan masyrakat, di tempat itu dia diberi makan oleh seekor rusa kecil dan diajari oleh pikiran alamiah atau akal sehat, yang, meski sungguh tak masuk akal, memberinya pikiran induktif agar dia bisa menyelidiki rahasia segala benda.
Tidak seperti jenis binatang yang lebih rendah, dia merasa sadar akan ketelanjangannya dan ketiadaan perlindungan atas dirinya. Dia memikirkan keadaannya dan menutupi bagian bawah tubuhnya dengan dedaunan, mempersenjatai dirinya dengan sebuah tongkat, dan dengan begitu menyadari keunggulan dirinya atas binatang-binatang berkaki.
Kematian ibu rusa itu membuat dirinya menemukan ruh (soul) binatang yang menggunakan tubuh sebagai alatnya, seperti tongkat di tangannaya, yang memberinya penerangan dan kehangatan dengan api, dan dengan begitu menyerupai benda-benda angkasa. Dia kemudian berpaling kepada analisis dan fenomena alam, memperbandingkan obyek-obyek yang ada di sekelilingnya, dan membeda-bedakan mereka serta menggolongkan mereka sebagai benda mati, tanaman dan binatang.
Dalam penyelidikan itu dia menjadi tahu bahwa tubuh merupakan unsur umum setiap obyek, tapi mereka termasuk kelompok-kelompok yang berbeda-beda diakrenakan fungsi-fungsi tertentu mereka. Hal ini membuatnya menduga bahwa setiap kelompok obyek memiliki bentuk atau ruh (soul) tertentu.
Tapi karena ruh (soul) tidakd apat dilihat, maka kecekatan dialektisnya akhirnya membawanya kepada gagasan mengenai suatu Kemaujudan Utama, kekal, tak ebrjasmani, dan mesti ada yang merupakan sebab efiisen perilaku tertentu benda-benda. Hal ini membuatnya sadar akan esensi immaterialnya sendiri dan dengan berlaku atas dasar suatu aturan tiga hal disiplin kezuhudan yagn kelak akan dijelaskan, akhirnya dia tenggelam dalam perenungan tak terkendalikan tentang Kamujudan Utama.
Pada tahap ini, Asal, suatu jiwa yang selalu merenung dan berpikir, dari pulai di dekatnya, tampil untuk mencapai kesempurnaan dalam kesendirian. Dia memberi tahu Hayy, sang putra alam, tentang konsepsi-konsepsi Qurani tentang Tuhan, malaikat-malaikat-Nya, nabi-nabi-Nya, Hari Penentuan,d an sebagainya, yang dengan akalnya yang telah berkembang sendiri dapat segera dikenalnya sebagai kebenaran.
Tapi mulanya dia tidak mampu melihat kebijakan yang tersirat dalam bahasa kias Al-Quran mengenai Tuhan dan Akhirat, dan ijin yang diberikan dalam ktiab itu bagi manusia untuk menikmati kehidupan duniawi yaitu ijin yang bsia membuat manusia berpaling dari kebenaran.
Dengan penuh keinginan dan harapan, dia ebrangkat bersama Asal menuju pulau tersebut yang diperintah oleh Salaman dan mulai mengubah rakyatnya yang terkekang adat. Dia berusaha keras memberikan penerangan kepada mereka lewar konsep-konsep murni, tapi akhirnya ia mendapati bahwa konsep-konsep ini tak terjangkau oleh pikiran mereka.
Kemudian dia menyadari kearifan Nabi dalam memberi mereka bentuk-bentuk yang dapat dicapai oleh indera dan bukannya penerangan yang lengkap. Maka dia kembali ke pulaunya yang sepi dan tenggelam dalam perenungan.
